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阿里新赛事启动:如何更快解析蛋白质的结构?

日期:2022年05月13日

       近来, 阿里云携手英特尔(我国)主办的“英特尔立异大师杯”冷冻电镜蛋白质结构建模大赛宣告敞开报名。据介绍, 该赛事旨在探究人工智能在获取蛋白质结构原子模型方面的潜力。精确的蛋白质结构原子模型不只可以协助研究者了解生命活动的内涵原理, 还能为药物研制供给辅导。
       蛋白质结构猜测主要在已知蛋白质序列中寻觅类似序列, 依据序列的类似性来判别运用哪些已知结构来构建不知道结构, 一起考虑其他或许改动蛋白质结构的要素。总结下来便是找相同序列, 运用已知结构估测不知道结构。AlphaFold2运用AI技能树立蛋白质序列和蛋白质结构的联系, 不断学习已知序列和结构从而进行蛋白质结构猜测。
       在强壮的算法与算力的支撑下, DeepMind将运算时刻从数月缩短至了数小时, 这关于人类霸占疑难杂症有着划时代的含义。据了解, 现在解析蛋白质结构的干流办法有x射线晶体学(x-raycrystallography)、核磁共振波谱法(nuclearmagneticresonancespectroscopy)和冷冻电镜办法(cryo-electronmicroscopy), 其间前两者需具有长时刻的实践堆集、老练的作业流程及较为苛刻的运用条件。跟着软硬件方面的打破, 冷冻电镜办法,

尤其是冷冻电镜单颗粒剖析(single-particlecryo-EM)逐步成为首选计划。可是出于精确度要求, 此项作业依旧繁琐。为了满意医学科研等范畴的海量算力需求, 阿里云弹性高性能核算(ElasticHighPerformanceComputing, E-HPC)根据第三代英特尔®至强®可扩展处理器(CooperLake)打造算力渠道。依托阿里云根底设施, 该渠道可面向教育科研、企事业单位和个人, 供给方便、弹性、安全的一站式公共云HPC服务。据悉, 本次大赛根据阿里云E-HPC渠道和第七代服务器ECS高主频实例进行,

以冷冻电镜三维结构解析的实践使用场景为根底, 供给生物大分子的氨基酸序列以及在冷冻电镜下获得的电势能散布, 要求参赛选手结合从数据库中选取的练习数据集,

运用深度学习办法调配云端算力支撑, 探究从试验数据到高精度蛋白质原子结构的智能化解决计划。
       以期到达改进现在蛋白质结构建立作业的全体功率和精确率、减轻科研作业者担负。据介绍, 本次大赛赛题由达摩院主张建议, 阿里云天池渠道承办, 联合了国家蛋白质科学中心等威望团队。后续, 达摩院药学AI组还将追寻和优化相关技能对职业的提高作用。本日起到9月28日, 个人、高等院校、科研单位、企业、创客团队等人员均可报名, 参赛人员在成功完结同期的初赛环节后, 通过复赛、决赛, 将有时机比赛28万元人民币的奖金池。

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